L'histoire se déroule dans l'état insulaire d'Hinomoto. Alors que le monde est en pleine révolution industrielle, la survie de l'espèce humaine est compromise par l'apparition des « Kabane », des créatures dangereuses dotées d'un cœur protégé par une cage d'acier. La population est contrainte de se réfugier dans d'immenses forteresses, appelées stations, reliées entre elles par des trains blindés : les Hayajiro.