Dans Prey, le joueur se réveille au cours de l'année 2032, à bord de la station spatiale Talos I, en orbite autour de la lune. Vous êtes le sujet clef d'une expérience mystérieuse qui est censée altérer l'humanité à jamais, mais la situation s'est transformée en un cauchemar dont seul vous pourrez vous en tirer vivant. Entre une invasion extraterrestre et d’obscurs secrets, il ne reste que vos outils et compétences pour survivre.