L'histoire se déroule 10 ans après les événements de la série animée dans laquelle Koji a combattu le Dr. Hell à l'aide de Mazinger Z. De nos jours, Koji est devenu un scientifique et découvre, dans une énorme structure enterrée dans le Mont Fuji, une étrange forme de vie.

De par cette rencontre, le destin de l'humanité se jouera lors d'une bataille éprouvante.