L’équipage du Black Lagoon est peut-être l’un des derniers exemples de piraterie maritime que l’on puisse trouver à l’heure actuelle. L’équipage dirigé par Dutch et composé de Levi, le garçon manqué et Benny le petit génie de la mécanique écume les mers de l'Asie du Sud-Est. Parce qu’il transporte une disquette contenant des données très importantes et convoitées par la mafia russe, Rokurô Okajima, modeste salarié de l’entreprise Asahi, se retrouve embarqué de force sur ce navire. Très vite surnommé Rock par l’équipage, il se retrouve propulsé dans un monde d'aventures et d’action à cent milles lieux de sa vie douillette d’employé de bureau. Malgré la peur que lui inspirent les premiers combats auxquels il est mêlé, il finira par se laisser séduire par cette vie trépidante et décidera de suivre l’équipage du Black Lagoon vers de nouvelles aventures...