Suivi par les événements de Half Life 1 et le milieu de Half Life 2, une résistance à City 4 se prépare pour leur dernier combat contre les forces déchaînées Combiner. Leur dernier espoir est d'exécuter le protocole Lambda, mais il finit par être un échec qui se transforme en une révolution qui va changer le destin de l'humanité.