XIIe siècle, Kyôto, Japon. Ultimo et Vice sont des Karakuri Dôji, des entités mécaniques pourvues d’émotions et de sentiments humains. Dotés de cinq sens hyper développés et de pouvoirs destructeurs, l’un est le Bien incarné et l’autre le Mal absolu. Ces deux êtres vouent leur existence à s'affronter pour déterminer qui du Bien ou du Mal représente la suprême puissance de l'univers.

XXIe siècle, Tokyo Ouest. Entre les filles et les problèmes d’argent, la vie est rude pour les lycéens... Mais pour Yamato Aragi les choses semblent sur le point de changer le jour où il découvre dans une vieille échoppe une sorte de marionnette étrange à l'apparence d'un jeune garçon et portant le nom d'Ultimo…