La menée séparatiste débutée quelques années plus tôt avec le blocus de la planète Naboo gagne du terrain et se montre de plus en plus dangereuse. Face à l'ampleur du danger, beaucoup souhaitent qu'une armée soit mise sur pied pour combattre plus efficacement la fédération et son armée de droïdes. La sénatrice Amidala, menacée d'assassinat se rend sur Coruscant pour participer aux débats relatifs à la création d'une armée républicaine. Anakin Skywalker, devenu adulte, est chargé de la protéger tandis que le chevalier jedi Obi Wan Kenobi est missionné pour enquêter sur la tentative d'attentat qui a ciblé la sénatrice de Naboo. Celui-ci fera un peu plus la lumière sur le danger qui menace la République et découvrira qu'une armée de clones au service de la République a été créée plusieurs années plus tôt.