Le joueur incarne John T. Parker, un photographe anglais chargé en 1910 de ramener des clichés du passage de la comète de Halley. Pour ce faire, il se rend en Amérique à Illsmouth, en Nouvelle-Angleterre : de cette ville seulement, la comète de Halley, lors de son passage, frôle le ciel et paraît étonnement proche.

C'est un spectacle étonnant pour tout astronome, ou toute personne intéressée de près ou de loin aux étoiles. Et pourtant personne n'y vient jamais. C'est ce que Lord Boleskine, un savant et astronome, avait cherché à comprendre quelques 76 années plus tôt, lors du précédent passage de la comète en 1834. Fort de ses connaissances en matière de livres maudits (le Necronomicon), Boleskine entreprend diverses recherches sur la comète de Halley, ainsi que sur les croyances et les rites liés à Cthulhu. Il se rend à Illsmouth, progresse dans ses recherches, puis devient fou.

Les clichés de John Parker dévoilent les dessous d'une mise en scène diabolique. Il doit tâcher de rester en vie pendant les trois jours qui le séparent du passage de la comète, et en même temps mener à bien son enquête sur les évènements de 1834 — et les liens entre la comète, Cthulhu et la malédiction.