Enquêtant sur de mystérieux assassinats à Gotham, Batman découvre l'existence d'un groupe de super ninjas appelé le clan des Foot. Venus d'une autre dimension, ces experts du Ninjutsu comptent bien ravager la ville du Chevalier Noir. Mais ils ne sont pas arrivés seuls : les quatre Tortues Ninja, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo, les ont pris en chasse. Une rencontre épique entre deux dimensions, deux visions de l'héroïsme et deux visions du chaos qui vont s'entrechoquer dans un combat qui menace le tissu même de la réalité.