Les Singes et César sont sauvagement attaqués par une armée humaine. A la tête de celle-ci, un colonel impitoyable qui prône leur destruction. Déchiré entre ses instincts les plus sombres et sa volonté de protéger les siens, César construit sa vengeance. Le duel entre les deux leaders déterminera le destin de chaque espèce et l’avenir de la planète.