En 2258, 10 ans après la guerre entre l'Alliance terrienne et la Fédération minbarie, Jeffrey Sinclair prend le commandement d'une station spatiale appelée Babylon 5. Située dans une zone neutre de l'espace, elle accueille les représentants des différentes races composant la communauté galactique, et regroupe au sein d'un Conseil les cinq principales puissances et la Ligue des mondes non alignés qui sont décidées à maintenir la paix et la prospérité dans la galaxie.

Mais la mission de Sinclair, puis celle de John Sheridan, s'avère particulièrement difficile à cause des conflits entre les différentes races (les Centauri (en)s contre les Narn (en)s) et des dissensions internes (chez les Minbaris et aussi sur Terre). Petit à petit, des indices semblent prouver l'existence d'une race aux desseins destructeurs, les Ombres.