La quatrième édition de Warhammer 40,000 a été publiée en 2004. Cette édition ne comporte pas autant de changements majeurs que les éditions antérieures, et était compatible avec chaque armée de la troisième édition du Codex. La quatrième édition se présentait sous trois formes: la première était une version cartonnée autonome, avec des informations supplémentaires sur la peinture des figurines, la construction des décors, et des informations générales sur l'univers de Warhammer 40,000. La seconde était un coffret, appelé Battle For Macragge, qui comprenait une version compacte sous couverture souple des règles, des décors, des dés et des figurines de Space Marines et de Tyranides. La troisième était une édition limitée collector. Battle For Macragge était une boîte de jeu s'adressant principalement aux débutants. Ce scénario était basé sur l'invasion par les Tyranides du monde natal des Ultramarines, Macragge. Une extension de celle-ci a été publiée, appelée The Battle Rages On! (La bataille fait rage!), qui présentait de nouveaux scénarios et nouvelles unités, comme les guerriers tyranides.