La cinquième édition de Warhammer 40,000 a été publiée le 12 juillet 2008. Bien qu'il existe quelques différences entre les quatrième et cinquième éditions, l'ensemble de règles générales comporte de nombreuses similitudes. Les livres de Codex conçus avant la cinquième édition sont toujours compatibles, avec quelques changements mineurs sur le fonctionnement des armées. Le successeur de l'édition précédente Battle for Macragge est appelé Assault on Black Reach (Assaut sur Black Reach), et dispose d'un livret de règles en format de poche (contenant le jeu de règles complet, mais en omettant le contexte et les sections modélisme du livre de règles en taille réelle), et les armées de figurines de base Orks et Space Marines. Chaque set d'armée contient un quartier général, et soit un Big Boss Ork, soit un capitaine Space Marine.