C'est une guerre sans issue qui attend les derniers survivants humains retranchés de Sion, cité-État de la résistance, maintenue par l'armée des Machines.

Pour seul espoir ne reste que Néo qui après s'être sorti d'un monde intermédiaire, parvient à se rendre auprès du représentant du camp adverse et lui propose sous contrat d'une paix définitive, d'anéantir ainsi leur ennemi commun : l'agent Smith devenu incontrôlable.