Billy et Kate habitent maintenant New York. Billy retrouve son mogwai Gizmo, à la suite de la mort de M. Wing, dans un laboratoire de recherche génétique dans le bâtiment où il travaille. Le réparateur de fontaines à eau ayant mouillé par erreur Gizmo, celui-ci donne naissance à une nouvelle génération de mogwais qui se transformeront vite en Gremlins, avant de partir à l’assaut d’un gratte-ciel de haute technologie, et utiliseront les ressources surprenantes d’un laboratoire de génétique. Les Gremlins tenteront ainsi d’envahir New York.