Les officiers de Starfleet à la retraite James T. Kirk, Montgomery Scott et Pavel Chekov sont invités à l'inauguration du nouveau vaisseau : l'Enterprise NCC-1701-B. Lors de la parade le navire reçoit un appel de détresse de deux vaisseaux transportant des réfugiés El-Aurian dont la planète vient d'être ravagée par les Borgs pris au piège dans le Nexus, un ruban énergétique mystérieux. L'opération de sauvetage tourne mal: seulement 47 personnes sauvées. Parmi elles un scientifique El-Aurian, Tolian Soran. Si l'Enterprise B est sauvée, le capitaine Kirk est porté disparu et considéré comme mort au combat.

Soixante-dix huit ans plus tard, les membres de l'équipage de l'Enterprise NCC-1701-D, dirigé par le capitaine Jean-Luc Picard, sauvent (de nouveau) Tolian Soran de la destruction de sa base stellaire. Ce dernier fera tout pour que son plan, retourner dans ce mystérieux ruban énergétique-en fait une porte vers une nouvelle dimension appelée Nexus- et qui passe par la destruction de l'USS Enterprise et de deux systèmes solaires, ainsi que la mort de millions de personnes, aboutisse. Dans sa course contre le temps pour arrêter Soran, le Capitaine Picard recevra l'aide de la dernière personne à laquelle il s'attendait...