Quatre ans après la destruction de l'Arche et de l'un des Halos, la moitié du vaisseau Forward Unto Dawn erre toujours dans l'espace avec à son bord l'intelligence artificielle Cortana et le Spartan John-117 encore endormi dans son tube cryogénique. Alors que Cortana commence à se poser des questions sur sa durée de vie plus longue qu'une IA normale et sombre de plus en plus vers la frénésie, le vaisseau se fait aborder par des troupes d'assaut Covenants. Cortana décide alors de réveiller le Master Chief de son sommeil.