Quatre ans ont passé depuis l'incident de San Diego qui provoqua la faillite de la société InGen. Les dinosaures de John Hammond vivent désormais en totale liberté sur Isla Sorna. Le paléontologue Alan Grant, rescapé du Jurassic Park, fait la connaissance d'un couple de milliardaires qui lui proposent de financer ses recherches contre un survol de l'île. D’abord réticent, Grant finit par accepter et prend les airs avec son jeune assistant, Billy Brennan. Mais le paléontologue ne tarde pas à découvrir que le couple a menti, et qu'ils ont l'intention de se poser sur Sorna afin d'y rechercher Erik, leur fils de 12 ans disparu quelques semaines plus tôt. L’expédition tourne vite au cauchemar avec la première attaque d’un grand prédateur : Spinosaurus. Le groupe rejoint précipitamment l’avion mais, manquant l'envol, l'appareil s'écrase au cœur de la jungle, laissant son équipage au milieu des dinosaures...