Dark Matter raconte l'histoire de six membres de l'équipage d'un vaisseau spatial abandonné qui se réveillent après un sommeil forcé, sans aucun souvenir ni de leur identité ni de leur présence à bord. Ils devront alors s'associer et travailler ensemble pour survivre et faire face aux menaces environnantes, aux vengeances, trahisons et secrets cachés.