Après avoir achevé sa quête au service de l'abri 13 dans le premier Fallout, l'Habitant de l'abri est chassé de son foyer par le dirigeant, qui voyait en lui un rival potentiel. Abandonné de tous, il erre au nord dans le désert avant de fonder un petit village, Arroyo. Protégé par ses canyons du monde extérieur, le village vit pendant de longues années dans la paix. Cependant, 80 ans plus tard, la canicule et la famine finissent par mettre en péril le village tribal. Une légende du village prétend que l'Abri 13, dont descendent les habitants d'Arroyo, possède en son sein un Jardin d'Eden en Kit (JEK). Le JEK est un concentré de technologie pure, contenant l'équipement essentiel pour rebâtir une nouvelle civilisation, que certains abris anti-atomiques ont reçu avant l'hiver nucléaire. La doyenne décide donc d'envoyer l'Être Élu, petit-fils de l'Habitant de l'Abri, retrouver le saint Abri 13 et surtout son JEK. L'Élu commence ainsi un périple qui l'amène à traverser les terres dévastées par l'apocalypse nucléaire, et à découvrir ce qu'il reste du monde.