Synopsis
L'intrigue se déroule dans le Londres sale des années 1870. Jacob et Evie Frye arrivent à Londres dans le but de vaincre le templier Crawford Starrick et son organisation qui contrôle divers rouages importants de la société londonienne (usines, transports, médecine, politique, criminalité...) depuis Haytham Kenway. Ils seront assistés par Henry Green, le grand maitre assassin de la confrérie de Londres. Jacob souhaite libérer la ville et former son gang. Quant à Evie, elle est à la recherche d'un artefact d'Eden cachée dans la ville...
En 2015, le joueur continue toujours d'utiliser Helix afin d'aider les assassins du présent à retrouver des artefacts de la première civilisation via les mémoires de Jacob et Evie. Mais Otso Berg et ses acolytes templiers (rencontrés dans Rogue ) sont sur leurs traces..