Pour sauver sa vie après une attaque mortelle, Adam Jensen n'a pas d'autre choix que de se laisser augmenter physiquement avec des prothèses cybernétiques. En quête de réponses, il se retrouve bien vite à suivre différentes pistes aux quatre coins du monde. À mesure qu'il découvre une incroyable conspiration, ses choix vont décider du destin de l'humanité.