Lex Luthor est un industriel à la tête de la LexCorp, une entreprise qui s'occupe de progrès scientifiques, technologiques et médicaux, mais tout cela dans le but de faire de Luthor l'homme le plus riche de la Terre, quel qu'en soit le prix. Quelque temps après la première apparition de Superman à Metropolis, Luthor est devenu l'ennemi de Superman et a juré qu'un jour il le détruirait.

Le projet Applecore de sa société, une opération illégale d'extraction minière destinée à exploiter le noyau en fusion de la Terre comme source d'énergie pour alimenter Metropolis, a rencontré un problème lorsqu'ils ont découvert une chambre de stase extraterrestre d'où est sorti un monstre humanoïde à la peau grise qui a tué les mineurs. De là, il se dirige vers Metropolis, tuant tout ce qui se trouve sur son chemin et semant la destruction sur son passage. Superman finit par arriver à Metropolis et, avec une détermination sans faille, fait tout ce qu'il peut pour arrêter cette "machine du Jugement dernier", jusqu'à la faire voler dans l'espace puis la repousser sur Terre où elle finit par mourir, ne représentant plus une menace. Cependant, cela a également eu des conséquences sur Superman, qui s'est effondré dans les bras de Lois, apparemment mort.

Luthor assiste aux funérailles télévisées où les habitants de Metropolis rendent un dernier hommage au héros de leur ville natale, ce que Lois Lane remarque à sa grande colère. En privé, Luthor râlait d'avoir été privé de la victoire qu'il avait planifiée pendant des années par ce qu'il appelait un "hooligan du football", et a abattu Mercy Graves pour dissimuler toute piste concernant le projet Applecore.

Quelque temps plus tard, un criminel psychotique connu sous le nom de Toyman menace de jeter un bus scolaire rempli d'enfants du haut d'un gratte-ciel si la police ne lui tourne pas le dos, utilisant son araignée mécanique pour se faire comprendre. Avec Toyman distrait, Lois se faufile sur le toit pour faire sortir autant d'enfants que possible du bus, mais finit par tomber avec le dernier enfant lorsqu'il pousse le bus par-dessus le rebord. Étonnamment, le bus a été attrapé et ramené en toute sécurité au sol par une vision familière : celle de Superman, revenu d'entre les morts. Il détruit également l'araignée mécanique et livre Toyman aux autorités avant de ramener Lois à son appartement, semblant lui répondre comme s'ils venaient de se rencontrer pour la première fois. Cependant, il s'avère que ce "Superman" n'est pas vraiment Superman, mais un clone créé par Luthor à partir d'ADN prélevé sur les échantillons de sang de Kal-El et sous le contrôle de Lex. Le corps du vrai Superman est resté dans une chambre de stase dans les laboratoires de Lexcorp après avoir été sorti de sa tombe - jusqu'à ce qu'un des robots-serviteurs de la Forteresse de la Solitude prenne le corps et utilise la technologie kryptonienne de la Forteresse pour le ramener à la vie.

Alors que Lois s'interroge sur le retour de Superman et ne voit pas encore Clark Kent retourner à son poste de travail au Daily Planet, le Superman cloné entend, par le biais d'un journal télévisé, que le Toyman a assassiné une fillette de quatre ans dans une garderie où il a pris des enfants en otage. Il se rend au poste de police où il voit le Toyman se faire arrêter par la police et l'attrape, le faisant voler au-dessus de la ville avant de le laisser tomber au sol, tué par sa chute. Les gens regardent avec étonnement le Superman cloné s'envoler, sans se soucier du fait qu'il a tué un criminel de sang-froid. Lex gronde son clone pour cette action et lui donne une liste de sociétés rivales potentielles qui pourraient avoir volé le corps du vrai Superman pour leur profit personnel. Le Superman cloné jette la liste et utilise sa vision à rayons X pour regarder dans sa propre tête, découvrant une minuscule boule de kryptonite doublée de plomb implantée dans son cerveau, qu'il utilise sa vision thermique et une paire de ciseaux pour extraire.

Plus tard, Lois rencontra Lex Luthor dans son bureau sous prétexte de quitter définitivement le Daily Planet afin de poursuivre sa propre vie, mais elle le drogua pour qu'elle et Jimmy puissent fouiller dans ses dossiers et découvrir son laboratoire de recherche génétique où il récoltait des clones de Superman, tous destinés à patrouiller Metropolis sous le contrôle de Luthor. Luthor s'est réveillé de son état de drogué et a menacé de tuer Lois et Jimmy, mais il a été arrêté par le clone actif de Superman qui a ensuite détruit tout le laboratoire et tout le travail qui y était effectué, tandis que Lois et Jimmy se sont échappés. Luthor se réfugie dans sa pièce spéciale avec des lampes solaires rouges et ses gants en kryptonite, attendant que le clone y entre, mais ce dernier scelle la pièce et l'arrache du bâtiment, la projetant au sol avec une telle force qu'il estropie Luthor. Le vrai Superman, qui portait une combinaison spéciale lui permettant d'absorber l'énergie solaire jaune depuis que son combat contre Doomsday l'avait affaibli, a terrassé le Superman cloné après un long combat à travers Metropolis qui les a menés à Metropolis Park, sur le site de son enterrement, en allumant une cartouche de kryptonite collée sur la combinaison du clone qui a tué ce dernier d'un épais nuage de kryptonite.

À la fin de l'histoire, Luthor est assis à son bureau, sous assistance respiratoire, ruminant le retour d'entre les morts du vrai Superman. Tout en contemplant le fait que Superman ne peut apparemment pas être tué.