Le jeu commence deux jours avant Matrix Reloaded. L'équipage de l'Osiris, vaisseau à qui l'on doit la découverte de l'armée levée par les machines et dont l'histoire est contée dans un des films d'animation de la série Animatrix, a laissé avant sa mort ces informations très importantes. L'histoire est la même que Matrix Reloaded mais du point de vue de l'équipage du Logos (Niobe, Ghost et Sparks). Niobe et Ghost récupèrent ces informations et organisent une réunion dans laquelle ils exposent les faits (réunion générale dans Matrix Reloaded, au début du film). En jouant à Enter The Matrix on apprend beaucoup de choses sur le film, comme le lien entre Ghost et Trinity, la raison pour laquelle le Logos s'est crashé, etc.