Afin d’étudier le mystère qui entoure la mort de son père, Ryûko Matoi se rend à l’académie Honnôji. La présidente du conseil des élèves, Satsuki Kiryûin, semble connaître le secret du scissor blade, élément clé de la mort du père de Ryûko. Cependant l’académie est régie par un système d’uniformes à étoiles qui confère des capacités hors du commun à ceux qui les portent… et Ryûko n’a aucune étoile à son actif ! Pour connaître la vérité, Ryûko va devoir affronter Satsuki et les élèves de l’académie…